农村建房两证一书是指农村自建房屋或者翻建、扩建房屋时需要的两个证件，即《建设工程规划许可证》和《建设工程竣工验收备案证明》。另外还需要办理土地使用证和房屋所有权证等相关证件。这些证件和文件可以证明农民的房屋是合法建造和符合规范的。
按照国家建筑法规定，农村自建房不得超过两层，且总建筑面积不得超过240平方米。这是为了保障农村房屋的安全和防止过度开发。同时，限制建筑层数可以减少资源浪费和环境污染，避免出现楼房拥堵和人口密集的情况。
因此，规定农村自建房不得超过两层，有利于保护农村环境、促进可持续发展。