京东小店要求3000元保证金是为了保障平台和消费者的权益，防止商家恶意行为和违规操作对消费者造成损害。具体原因包括：

1. 保证商家的诚信：通过收取保证金，能够筛选出一些有诚信的商家，降低恶意操作和欺诈行为的风险，维护消费者的权益。

2. 惩罚违规行为：保证金作为一种经济惩罚措施，可以迫使商家更加谨慎和遵守平台规则，如果商家进行违规操作，平台有权扣除或以其他方式处置保证金。

3. 维持运营成本：平台需要投入一定的资源进行商家审核、培训和服务支持等工作，收取保证金可以一定程度上缓解运营成本压力。

需要注意的是，保证金并不等同于押金或者预付款，商家在遵守平台规则的前提下，可以在特定条件下退还保证金。

对于商家来说，缴纳保证金是一种信任和合规的体现，也是与平台建立稳定合作关系的一种方式。但具体的保证金金额和政策可能会因平台政策调整而有所变化，建议商家在申请入驻京东小店前仔细了解平台相关政策和要求。