农村房产证和房产证存根都具有法律效力，但两者的性质不同。农村房产证是产权证，证明农村住宅及土地使用权的归属，权利人可凭证享有该房产的所有权益，并能自由支配该房产。
而房产证存根则是一份备案证明，用于备案登记、抵押、拍卖、变更等手续，不具有过户权和出具贷款等需求的资格认证功能。
因此，房产交易需使用农村房产证进行产权过户，房产证存根仅作为备案使用。
农村房产证办理所需费用如下:
1、居民住宅每套80元，如有共有权证增收工本费10元/本。
2、其它房产建筑面积500(含500)㎡以下的每宗200元，500~1000㎡的为300元，1000~2000㎡的为500元，2000~5000㎡的为800元，5000㎡以上的为1000元;如共有权证增收工本费10元/本。
3、各地标准不一样，但大致差不多。一般办理房产证需缴纳办证登记费(住宅一般80元，非住宅一般550元)和测绘费(住宅每平方米一般1.3元,非住宅每平方米一般2元)，具体咨询当地的产权登记部门。
如果您的农村房产证被村里扣着，首先可以尝试与对方进行协商，争取通过友好方式解决问题。如果协商不成，您可以采取以下步骤：
协商解决：与对方沟通，看是否能够达成一致，签订相关协议。
村委会调解：如果协商无效，可以向村委会申请调解处理，利用村委会的权威和影响力来促进问题的解决。
法律途径：如果上述方法都未能解决问题，您可以准备起诉状，向法院提起诉讼，要求法院介入处理。
向上级投诉：您还可以向上一级主管机关投诉处理，寻求上级部门的介入和帮助。
请求现任村委会代表协助：在必要时，可以请现任村委会代表出面帮助您要回房产证。