1、首先有条件的村整村进行旱厕改造，条件不具备的选择部分家庭条件不错的住户改造。
2、旱厕改造一般由当地政府的环卫部门来负责改造，旱厕改造资金一般都由当地政府负担，不需要住户承担。
3、农村旱厕改造，住户可以选择蹲坑式的，也可以选择使用马桶式的，选择马桶式的需要自己添部分费用。
4、由当地政府安排施工队伍，给住户免费安装，安装排气管，抽水桶，抽水桶和保温层。
5、旱厕安装好后，还要建化粪池，化粪池要加盖，旱厕改造免费，但是后期化粪池抽粪需要自己支付费用。
农村厕所改造后若存在污水，可以采取以下几种处理方式。
首先，可以采用分离式生态化厕所，通过分离尿液和粪便，让尿液经过处理后可以作为肥料，粪便则进行沼气发酵和堆肥处理。
其次，可以使用沼气池来处理粪便和厕所废水产生的污水，污水经过沉淀和过滤后排放或者再回收利用。此外，也可以采用生物滤池，通过物理、化学和生物作用的综合处理，达到净化的目的。最后，必须保证良好的运行维护，以确保设施的正常使用和处理效果。
农业农村工作部门。按照国家机构改革方案，农业农村工作部门，承担国家乡村振兴工作重要职责，涉及乡村振兴的资金，都要从农业农村工作部门层层下拨，农村厕所改造为乡村振兴重要内容，补贴也归农业农村工作部门管。