申论应用文和公文在多个方面存在显著的区别。

首先，从本质和应用角度来看，申论应用文主要考察的是考生对贯彻执行能力，它更多属于事务性公文，而非党政公文，因此并没有明确的文种区分。

在申论考试中，常考的事务性公文类型包括宣传类、讲话类、计划类、措施类、汇报类、摘要类等。这些应用文的写作，其格式和框架会根据具体的文种有所不同。

而公文，特别是党政公文，具有明确的文种区分，如决议、决定、命令、公报等，每种文种都有其特定的格式和用途。

其次，从材料提供和选择的角度来看，申论写作通常会提供大量的材料，这些材料多来自政府和公众广泛关注的社会问题，考生可以从这些材料中提取丰富的有效信息。

而公文写作中提供的材料相对较少，且其材料设置可能相对晦涩，有时会采用寓言故事的形式呈现给考生，考生需要从这些材料中提炼中心观点，然后自选角度进行分析。

最后，从话题大小的角度来看，由于申论写作中材料较多，其话题相对较小，更侧重于具体问题的分析和解决。

而公文写作由于材料较少，其话题相对较大，更侧重于宏观政策的传达和实施。

综上所述，申论应用文和公文在本质、材料提供和选择以及话题大小等方面存在明显的区别。

在准备相关考试时，考生需要根据不同的要求，有针对性地进行学习和准备。