医疗保险断交3个月个人账户不会清零，但从未及时缴纳当月起，就会停止对你使用医保待遇，在一个医疗保险缴纳年度内，社保停止缴纳3个月，医疗保险的缴纳年限清零，将重新计算。中断后继续缴费的，必须按照规定以补缴时当地上年度职工平均工资为缴费基数，将中断期间的全部欠费补齐。
医保断保三个月的，不能报销。医保断交三个月后再续交，是需要一定时间的才可以享受正常的医保待遇的，正常情况下，在办理正常缴费手续后，第二个月（即次月）起可以享受报销。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》第二十三条
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
1.影响医保待遇享受。医保断缴后，去医院看病就不能享受医保报销了。此外，对于用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金。（具体以各地市医保局的规定为准）
2.影响生育待遇享受。如果女性职工在生产之前生育保险未缴满1个月或在生产期间出现断缴，则无法享受该月的生育保险待遇。
3.影响退休待遇。如果断缴时间过长，退休时累计缴费年限不足，可缴费至规定年限后按规定享受基本医疗保险待遇。