申请永久居留在日本时，申请人需要提交的材料通常包括：申请表、住民票、护照、居留卡、收入证明、纳税证明等文件。其中，银行流水单并不是办理永久居留所必需的文件，但是可以作为收入证明的一种。一般来说，申请永久居留需要证明申请人有稳定且充分的收入，在这种情况下，银行流水单可以作为证明收入来源的一种辅助材料。但如果申请人有其他如工资单、社保证明、年度所得纳税证明等可证明收入的文件，则不一定需要银行流水单。

需要提醒的是，申请永久居留需要准备比较多的材料，申请人还应了解申请当地的具体规定。建议申请人在准备材料时一定要详细查询申请所需的材料清单及注意事项。