四川师承3年和5年的主要区别体现在学习路径、考试要求以及取得的资格上。

根据国家卫生部的规定，《传统医学师承和确有专长人员医师资格考核考试办法》中明确了师承三年的学习路径。学生在跟随师傅学习三年后，需要参加出师考核。通过出师考核后，学生将获得《出师证》。然后，学生需要在获得《出师证》后的一年内考取执业助理医师资格。再经过五年的学习和实践，学生可以考取执业医师资格。这种学习路径相对较短，但需要经过多次考试才能取得执业医师资格。

另一种学习路径是师承五年。学生需要签订师承关系合同，并在公证之日起进行为期五年的师承学习。满足学习期限后，学生可以参加专长考核。通过专长考核后，学生将获得《中医（专长）医师资格证》。在当地注册后，学生即可行医并开设诊所。这种学习路径相对较长，但能够通过专长考核取得中医（专长）医师资格证。

总结来说，四川师承3年和5年的主要区别在于学习路径和考试要求。师承三年的路径较短，但需要经过多次考试；而师承五年的路径较长，但可以通过专长考核直接取得中医（专长）医师资格证。选择哪种路径取决于学生的个人情况和需求。