如果南京社保扣款余额不足导致没有扣到，首先要及时补齐余额，以免影响个人社保权益。其次，可以向南京社保部门咨询解决办法，可能需要提供相关证明文件并进行补缴。同时，也要留意个人社保账户的余额，避免再次发生余额不足的情况。在处理问题的过程中，与社保部门保持良好沟通，积极配合解决方案，确保个人社保权益不受影响。
补缴。个体参保人员以银行代扣方式缴费的，若当月的社保费用未扣款成功，正常情况下会在次月进行补扣，需在下个月扣款之日前存够两个月的缴费金额进行补扣。
重新签订协议。若连续两个月未扣款成功，则需持本人身份证、社保卡到参保社保局进行补缴并重签银行代扣协议。
具体详情请咨询当地人社局。